Para los agricultores de café, una amenaza puede definirse como la probabilidad de que ocurra una sequía o un temporal cuando el fruto este maduro. La vulnerabilidad es la capacidad de respuesta a una amenaza. En el caso de sequía el riego es una solución, pero lluvias a destiempo no da oportunidad de respuesta. Las deficiencias hídricas como el exceso de lluvias pueden afectar el crecimiento y desarrollo vegetativo y productivo de la planta. La sobresaturación del suelo, asociada en gran medida, a altas precipitaciones o un gran número de días con lluvia, limita el desarrollo del sistema radical, dando como resultado una planta con síntomas de deficiencias nutricionales, alta incidencia de mancha de hierro en las hojas y frutos, desarrollo deficiente de brotes, defoliación, paloteo, baja producción, baja calidad de los frutos y, bajo condiciones extremas, hasta la muerte de la planta. De otro lado, el déficit de agua en el suelo, asociado a bajos niveles de precipitación y pocos días con lluvia, puede causar daños en la cosecha de café, especialmente si ésta coincide con la época de floración o de llenado de fruto. Los daños más comunes son los granos flotantes o pasillas, los granos parcialmente formados, el grano negro y los granos pequeños.
El periodo de cosecha se caracteriza por ser una temporada seca y fría, perfecta para la recolecta de las cerezas de café. Sin embargo, este año se ha caracterizado por fuertes lluvias en el mes de diciembre lo que provocará una seria preocupación para muchos productores, quienes se enfrentan a un menor ingreso este año y a una cosecha irregular el próximo año. Las lluvias caídas representan una amenaza para los granos maduros. Pueden caer del suelo, donde si no se recogen a tiempo comienzan a fermentarse; además del costo en mano de obra de recolección. En otros casos, las cerezas pueden permanecer en la rama, pero comenzar a agrietarse. Esto ocurre cuando se absorbe demasiada agua muy rápido, por lo que las células de la cáscara de la cereza se separan. Esto resulta en un menor peso y una menor puntuación de taza, pues el dulce del mucílago se escurre. (Pierde toda su miel). La lluvia no sólo causa problemas en la finca. También es un problema en el beneficio. Para el café recién recolectados, está bien si se mojan un poco – pero para los que están casi en el nivel de humedad adecuado para empacarse y exportarse, puede tener un impacto serio. Tienes que volverlos a secar. Se necesita un segundo procesamiento. Eso causa problemas de calidad y mayores costos.